José Martins Filho nascido na cidade de Santos-SP, no dia 11 de setembro de 1943, graduou-se em Medicina pela USP, em Ribeirão Preto, especializando-se em pediatria e doutorou-se pela Unicamp em 1972. Tornou-se Professor Livre Docente em 1976. Dez anos depois, foi aprovado como Professor Titular na Faculdade de Ciências Médicas, onde assumiu sucessivas responsabilidades administrativas: Chefe de Departamento, Presidente da Comissão de Pós-Graduação em Pediatria, Presidente do Conselho de Administração do Hospital das Clínicas, Vice-Diretor e depois Diretor da faculdade.
Em 1990, tornou-se Coordenador Geral da Universidade (Vice-Reitor) da Universidade na gestão Carlos Vogt. Em 1994, após ter vencido a consulta feita à comunidade universitária com 60,45% dos votos, foi o indicado na lista tríplice elaborada pelo Conselho Universitário e enviada ao Governador do Estado, Luiz Antônio Fleury Filho, que o nomeou Reitor da Unicamp através de decreto publicado em 15 de abril de 1994 no Diário Oficial do Estado.
Teve como tema de campanha e gestão o slogan “Diálogo e participação”, ressaltando entre outras coisas a valorização dos recursos humanos e a reestruturação do ensino de graduação. Para levar adiante a questão do ensino de graduação, elaborou um plano de ação para o aprimoramento dos cursos e tomou medidas para melhorar o ambiente das salas de aula, os equipamentos e a valorização dos docentes. Sua produção acadêmica inclui publicação de trabalhos em revistas nacionais e internacionais, livros, contribuições em simpósios e congressos, conferências no Brasil e exterior, e a participação em bancas de mestrado e doutorado. É pesquisador internacionalmente requisitado na área de nutrição infantil e atua como consultor de instituições governamentais nacionais e internacionais.